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在商标侵权案件中，被控侵犯他人商标权的被告可以从以下几个方面进行抗辩：
证明注册不当或使用顺序先后：被告可以通过证据证明对方商标没有按照规定程序注册或是自己先于对方使用了该商标。
没有实际侵权：被告可以证明其使用的商标与对方的商标并非相似，不存在商标侵权情况。
不构成混淆误认：如果被告的使用行为没有引起消费者混淆、误认的情况，那么也就不存在商标侵权行为。
共同使用：如果被告与对方存在共同使用某一商标的情形，被告可以提出共存抗辩。
被授权或合法使用：被告可以提供使用权合法的证明来证明其使用行为是合法的。
对方商标无法区分：如果对方的商标与其他商标没有太多的区别，导致难以加以区分识别，那么被告可以提出这一点作为抗辩理由。
总之，在商标侵权案件中，被告可以通过各种方式有效地进行抗辩，并为自己争取更多的利益和权益保护。